知网查重和万方查重都是学术领域常用的文献查重工具，但在使用方法、查重算法、覆盖范围等方面有一些区别。知网查重主要针对知网数据库中的文献进行查重，算法相对较为严格，能够检测出较小的相似度；而万方查重则主要针对万方数据库，查重算法相对灵活，能够适应不同类型的文献，但可能会存在一定的漏检情况。此外，知网查重在某些学术领域的覆盖率更高，而万方查重则在其他领域表现更优。

此外，知网查重和万方查重在服务费用、使用便捷性等方面也存在一定差异。知网查重通常需要购买知网数据库的使用权限，费用相对较高；而万方查重则有时会作为万方数据库的附加服务提供，使用相对便捷，但可能需要额外支付费用。因此，在选择查重工具时，需要根据自身需求和实际情况进行权衡，选择最适合的查重方式。